畜牧·兽医
王国超, 刘昱成, 乔军, 孟庆玲, 杨海波, 贺志昊, 彭叶龙, 谢堃, 陈创夫
2013, 31(4): 436-442.
犬细小病毒是一种对犬科动物危害严重的 DNA 病毒,为了解其主要蛋白的密码子使用特点,本文运用 EM-
BOSS(TheEuropeanMolecularBiologyOpenSoftwareSuite)的 CHIPS和 CUSP程 序、CodonW 在 线 软 件 对 CPV
全基因组及3种主要蛋白基因的有效密码子数(ENc)、相对同义密码子使用度(RSCU)、碱 基 含 量(GCall、GC1、
GC2、GC3)进行分析。结果显示:CPV 基因组、NS1、VP1、VP2基因的 Nc值分别为36.46、37.86、35.05和32.87,
表明 CPV 对同义密码子的使用具有明显的偏爱性;对第3位核苷酸为 A 和 T 的密码子表现出明显的偏爱性;GC
含量普遍偏低(均小于40%)。进一步分析发现 CPV 的3种主要蛋白基因与大肠杆菌、人密码子偏爱性差异较大,
与酵母密码子偏爱性差异较小,提示表达系统选择酵母较为合适。