医学·药学
张雪, 宋银, 孙嘉伟, 汪海燕, 王宿洁, 黄瑾, 杨磊,
目的 筛选年龄相关性听力损失的核心基因,为其早期诊断寻找新的分子靶标。方法 从高通量基因表达数据
库中搜索出 3 个年龄相关性听力损失的基因芯片,利用 R 语言的 LIMMA 包对其进行差异表达基因分析,筛选标准
为 P<0. 05 和| logFC | >0. 5。通过 STRING 数据库从表达下调的基因中富集出核心基因并使用 KEGG 富集核心基
因的下游信号通路。使用 miRDB 数据库预测调控核心基因的 miRNA。结果 从 3 个基因芯片 GSE6045,GSE62173
和 GSE35234 共筛选出 109 个上调基因和 121 个下调基因。从 121 个下调基因中富集出 10 个核心基因: Col3a1,
Col1a2,Sparc,Col4a2,Col2a1,Postn,Col5a2,Lox,Acan 和 Ctgf。KEGG 通路富集中 col 家族基因富集于与年龄相关性
听力损失有关的信号通路: Protein digestion and absorption,ECM-receptor interactions,PI3K-Akt,Focal adhesion。使用
miRDB 数据库预测到两个调控核心基因的重要 miRNA 即 miR-29a-3p,miR-29c-3p。结论 筛选出 10 个在年龄相
关性听力损 失 中 下 调 的 核 心 基 因 Col3a1,Col1a2,Sparc,Col4a2,Col2a1,Postn,Col5a2,Lox,Acan 和 Ctgf。其 中
Col3a1,Col4a2,Col2a1,Col5a2 受 miR-29a-3p,miR-29c-3p 调控并通过 Protein digestion and absorption,ECM-receptor interactions,PI3K-Akt,Focal adhesion 通路发挥作用。